Modulating the level of components within plants

Abstract

Materials and methods for identifying lignin regulatory region-regulatory protein associations are disclosed. Materials and methods for modulating lignin accumulation are also disclosed. In addition, methods and materials for modulating (e.g., increasing or decreasing) the level of a component (e.g., protein, oil, lignin, carbon, a carotenoid, or a triterpenoid) in plants are disclosed.

What is claimed is: 
     
         1 . A plant cell comprising an exogenous nucleic acid, said exogenous nucleic acid comprising a regulatory region operably linked to:
 (a) a nucleotide sequence encoding a polypeptide having 80% or greater sequence identity to a polypeptide sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO:96, SEQ ID NOs:98-100, SEQ ID NO:102, SEQ ID NO:104, SEQ ID NO:106, SEQ ID NO:108, SEQ ID NOs:110-112, SEQ ID NOs:114-117, SEQ ID NOs:119-122, SEQ ID NO:124, SEQ ID NOs:126-128, SEQ ID NOs:130-132, SEQ ID NOs:134-137, SEQ ID NO:139, SEQ ID NO:141, SEQ ID NO:143, SEQ ID NOs:145-147, SEQ ID NO:149, SEQ ID NOs:151-155, SEQ ID NO:157, SEQ ID NO:159, SEQ ID NO:161, SEQ ID NO:163, SEQ ID NOs:165-168, SEQ ID NO:170, SEQ ID NOs:172-176, SEQ ID NOs:178-194, SEQ ID NO:196, SEQ ID NOs:198-215, SEQ ID NO:217, SEQ ID NO:219, SEQ ID NOs:221-251, SEQ ID NO:253, SEQ ID NOs:255-256, SEQ ID NO:258, SEQ ID NO:260, SEQ ID NOs:262-265, SEQ ID NO:267, SEQ ID NOs:269-270, SEQ ID NOs:272-273, SEQ ID NOs:275-277, SEQ ID NOs:279-280, SEQ ID NO:282, SEQ ID NO:284, SEQ ID NOs:286-287, SEQ ID NOs:289-290, SEQ ID NO:292, SEQ ID NOs:294-298, SEQ ID 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polypeptide having 80 percent or greater sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 80-87, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NOs: 91-93, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 98; SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO:101, SEQ ID NO:102, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO:106, SEQ ID NO:108, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 131; SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO:135, SEQ ID NO:137, SEQ ID NO:139, SEQ ID NO:141, SEQ ID NO:143, SEQ ID NO:144, SEQ ID NO:146, SEQ ID NO:148, SEQ ID NO:150, SEQ ID NO:152, SEQ ID NO:154, SEQ ID NO:156, SEQ ID NO:157; SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 170, SEQ ID NO: 172, SEQ ID NO: 174, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 189, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 193, SEQ ID NO: 195, SEQ ID NO: 196, SEQ ID NO: 198, SEQ ID NOs: 199-203, SEQ ID NO: 205, SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 208, SEQ ID NO: 210, SEQ ID NO: 212, SEQ ID NO: 213, SEQ ID NO: 215, SEQ ID NO: 216, SEQ ID NO: 218, SEQ ID NO: 220, SEQ ID NO: 222, SEQ ID NO: 223, SEQ ID NO: 224, SEQ ID NO:226, SEQ ID NO:228, SEQ ID NO:229, SEQ ID NO:231, SEQ ID NO:232, SEQ ID NO:234, SEQ ID NO:236, SEQ ID NO:238, SEQ ID NO:240, SEQ ID NO:242, SEQ ID NO:244, SEQ ID NO:246, SEQ ID NOs:248-257, SEQ ID NO:259, SEQ ID NO:261, SEQ ID NO:262, SEQ ID NO:264, SEQ ID NO:265, SEQ ID NO:267, SEQ ID NO:269, SEQ ID NO:271, SEQ ID NO:273, SEQ ID NO:275, SEQ ID NO:277, SEQ ID NO:279, SEQ ID NOs:281-290, SEQ ID NO:292, SEQ ID NO:294, SEQ ID NO:296, SEQ ID NO:298, SEQ ID NO:300, SEQ ID NO:302, SEQ ID NOs:304-313, SEQ ID NO:315, SEQ ID NO:316, SEQ ID NO:318, SEQ ID NO:320, SEQ ID NO:322, SEQ ID NO:324, SEQ ID NO:326, SEQ ID NOs:328-339, SEQ ID NO:341, SEQ ID NO:343, SEQ ID NO:345, SEQ ID NO:347, SEQ ID NO:349, SEQ ID NO:351, SEQ ID NO:353, SEQ ID NO:354, SEQ ID NOs:356-361, SEQ ID NO:363, SEQ ID NO:365, and SEQ ID NOs:367-371 of U.S. Patent Application Publication No. 2011-0113508 (U.S. patent application Ser. No. 12/377,778), wherein a tissue of a plant produced from said plant cell has a difference in the level of a carotenoid as compared to the corresponding level in tissue of a control plant that does not comprise said exogenous nucleic acid,   (c) a nucleotide sequence encoding a polypeptide having 80 percent or greater sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs:81-92, SEQ ID NO:94, SEQ ID NOs:96-107, SEQ ID NO:109, SEQ ID NOs:111-116, SEQ ID NOs:118-134, SEQ ID NOs:136-140, SEQ ID NO:142, SEQ ID NO:144, SEQ ID NOs:146-147, SEQ ID NOs:149-150, SEQ ID NO:152, SEQ ID NO:154, SEQ ID NOs:156-157, SEQ ID NOs:159-169, SEQ ID NOs:171-172, SEQ ID NO:174, SEQ ID NO:176, SEQ ID NOs:178-179, SEQ ID NOs:181-182, SEQ ID NOs:184-191, SEQ ID NOs:193-196, SEQ ID NOs:198-217, SEQ ID NOs:219-220, SEQ ID NOs:222-229, SEQ ID NOs:231-238, SEQ ID NO:240, SEQ ID NOs:242-250, SEQ ID NOs:252-330, SEQ ID NOs:332-333, SEQ ID NO:335, SEQ ID NOs:337-340, SEQ ID NO:342, SEQ ID NO:344, SEQ ID NO:346-348, SEQ ID NOs:350-357, SEQ ID NOs:359-366, SEQ ID NO:368, SEQ ID NOs:370-372, SEQ ID NOs:374-376, SEQ ID NOs:378-379, SEQ ID NOs:381-396, SEQ ID NO:398, SEQ ID NOs: 502-545 of U.S. Patent Application Publication No. 2009-0324797 (U.S. patent application Ser. No. 12/161,935), and the consensus sequences set forth in FIGS. 1-13 of U.S. Patent Application Publication No. 2009-0324797 (U.S. patent application Ser. No. 12/161,935), wherein a tissue of a plant produced from said plant cell has a difference in the level of oil as compared to the corresponding level in tissue of a control plant that does not comprise said exogenous nucleic acid,   (d) a nucleotide sequence encoding a polypeptide having 80 percent or greater sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs:96-98, SEQ ID NO:100, SEQ ID NOs:102-103, SEQ ID NOs:106-110, SEQ ID NO:112, SEQ ID NO:114, SEQ ID NO:116, SEQ ID NOs:118-119, SEQ ID NO:122, SEQ ID NOs:125-126, SEQ ID NO:128, SEQ ID NO:131, SEQ ID NOs:133-134, SEQ ID NO:136, SEQ ID NO:138, SEQ ID NOs:140-141, SEQ ID NOs:143-146, SEQ ID NO:148, SEQ ID NO:150, SEQ ID NO:152, SEQ ID NO:154, SEQ ID NOs:156-157, SEQ ID NO:159, SEQ ID NO:161, SEQ ID NO:163, SEQ ID NO:165, SEQ ID NOs:167-175, SEQ ID NO:177, SEQ ID NOs:179-182, SEQ ID NO:184, SEQ ID NO:186, SEQ ID NO:186, SEQ ID NOs:188-189, SEQ ID NO:191, SEQ ID NOs:193-205, SEQ ID NOs:207-210, SEQ ID NOs:212-220, SEQ ID NO:222, SEQ ID NO:224, SEQ ID NO:226, SEQ ID NO:228, SEQ ID NO:230, SEQ ID NO:232, SEQ ID NO:234, SEQ ID NO:236, SEQ ID NOs:238-239, SEQ ID NO:241, and SEQ ID NOs:243-247 of U.S. Patent Application Publication No. 2010-0151109 (U.S. patent application Ser. No. 12/519,106), wherein a tissue of a plant produced from said plant cell has a difference in the level of protein as compared to the corresponding level in tissue of a control plant that does not comprise said exogenous nucleic acid,   (e) a nucleotide sequence encoding a polypeptide having 80 percent or greater sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO:81, SEQ ID NOs:83-86, SEQ ID NOs:88-93, SEQ ID NOs:95-97, SEQ ID NOs:99-105, SEQ ID NOs: 107-112, SEQ ID NOs: 114-117, SEQ ID NO:119, SEQ ID NO:121, SEQ ID NOs:123-125, SEQ ID NOs:127-139, SEQ ID NO:141, SEQ ID NOs:143-146, SEQ ID NOs:148-153, SEQ ID NOs:155-158, SEQ ID NOs:160-165, SEQ ID NOs:167-175, SEQ ID NO:216, SEQ ID NO:218, SEQ ID NO:230, SEQ ID NO:232, SEQ ID NO:234, SEQ ID NO:236, SEQ ID NO:252, SEQ ID NO:240, SEQ ID NO:242, SEQ ID NO:244, SEQ ID NO: , SEQ ID NO:246, SEQ ID NO:248, SEQ ID NO:250, SEQ ID NO:238, SEQ ID NO:254, SEQ ID NO:256, SEQ ID NO:258, SEQ ID NO:220, SEQ ID NO:222, SEQ ID NO:224, SEQ ID NO:226, SEQ ID NO:228 of U.S. Patent Application Publication No. 2009-0304901 (U.S. patent application Ser. No. 12/161,928), and the consensus sequences set forth in FIGS. 1-9 of U.S. Patent Application Publication No. 2009-0304901 (U.S. patent application Ser. No. 12/161,928), wherein a tissue of a plant produced from said plant cell has a difference in the level of protein as compared to the corresponding level in tissue of a control plant that does not comprise said exogenous nucleic acid,   (f) a nucleotide sequence encoding a polypeptide having 80 percent or greater sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs:2-20, SEQ ID NOs:22-34, SEQ ID NOs:36-38, SEQ ID NOs:40-43, SEQ ID NO:48, SEQ ID NOs:51-53, SEQ ID NOs:55-65, SEQ ID NOs:67-81, SEQ ID NOs:83-92 of U.S. Pat. No. 7,329,797 (U.S. patent application Ser. No. 11/296,657), and the consensus sequences set forth in FIGS. 1-7 of U.S. Pat. No. 7,329,797 (U.S. patent application Ser. No. 11/296,657), wherein a tissue of a plant produced from said plant cell has a difference in the level of carbon as compared to the corresponding level in tissue of a control plant that does not comprise said exogenous nucleic acid,   (g) a nucleotide sequence encoding a polypeptide having 80% or greater sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO:35, SEQ ID NOS:37-47, SEQ ID NO:53, SEQ ID NOs:55-61, SEQ ID NOs:49-51, SEQ ID NOs:2-12, SEQ ID NOs:14-21, SEQ ID NOs:23-26, SEQ ID NOs:28-33 of U.S. Patent Application Publication No. 2009-0178160 (U.S. patent application Ser. No. 12/091,429), and the consensus sequences set forth in FIG. 2, 4, 5, 6, 7, 8, or 9 of U.S. Patent Application Publication No. 2009-0178160 (U.S. patent application Ser. No. 12/091,429), wherein a tissue of a plant produced from said plant cell has a difference in the level of a triterpenoid as compared to the corresponding level in tissue of a control plant that does not comprise said exogenous nucleic acid, or   (h) a polynucleotide encoding a lignin-modulating polypeptide comprising an amino acid sequence having 80% or greater sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO:96, SEQ ID NOs:98-107, SEQ ID NOs:109-111, SEQ ID NOs:113-114, SEQ ID NOs:116-124, SEQ ID NOs:126-127, SEQ ID NOs:129-130, SEQ ID NO:132, SEQ ID NO:134, SEQ ID NO:136, SEQ ID NO:138, SEQ ID NO:140, SEQ ID NOs:142-143, SEQ ID NOs:145-147, SEQ ID NOs:149-150, SEQ ID NOs:152-156, SEQ ID NO:158, SEQ ID NOs:160-163, SEQ ID NO:165, SEQ ID NOs:167-174, SEQ ID NOs:176-181, SEQ ID NO:183, SEQ ID NO:185, SEQ ID NOs:187-188, SEQ ID NO:190, SEQ ID NOs:192-194, SEQ ID NOs:196-197, SEQ ID NO:199, SEQ ID NOs:201-202, SEQ ID NO:204, SEQ ID NO:206, SEQ ID NO:208, SEQ ID NOs:210-214, SEQ ID NO:216, SEQ ID NOs:218-220, SEQ ID NO:222, SEQ ID NO:224, SEQ ID NOs:226-227, SEQ ID NO:229, SEQ ID NO:231, SEQ ID NOs:233-238, SEQ ID NO:240, SEQ ID NO:242, SEQ ID NO:244, SEQ ID NO:246, SEQ ID NO:248, SEQ ID NO:250, SEQ ID NO:252, SEQ ID NO:254, SEQ ID NOs:256-268, SEQ ID NOs:270-279, SEQ ID NOs:281-282, SEQ ID NO:284, SEQ ID NOs:286-287, SEQ ID NO:289, SEQ ID NOs:291-298, SEQ ID NO:300, SEQ ID NO:302, SEQ ID NOs:304-309, SEQ ID NOs:311-319, SEQ ID NOs:321-330, SEQ ID NOs:332-340, SEQ ID NO:342, SEQ ID NO:344, SEQ ID NOs:355-356, SEQ ID NOs:358-369, SEQ ID NO:371, SEQ ID NOs:373-385, SEQ ID NOs:387-388, SEQ ID NOs:390-395, SEQ ID NO:397, SEQ ID NO:399, SEQ ID NOs:401-407, SEQ ID NOs:409-463, SEQ ID NOs:465-496, SEQ ID NOs:498-500, SEQ ID NOs:502-503, SEQ ID NO:505, SEQ ID NOs:507-511, SEQ ID NOs:513-540, SEQ ID NO:542, SEQ ID NOs:544-577, SEQ ID NOs:579-581, SEQ ID NO:583, SEQ ID NOs:585-587, SEQ ID NOs:589-590, SEQ ID NO:592, SEQ ID NOs:594-599, SEQ ID NOs:601-617, SEQ ID NO:619, SEQ ID NOs:621-638, SEQ ID NOs:640-672, SEQ ID NO:674, SEQ ID NOs:676-678, SEQ ID NO:680, SEQ ID NOs:682-685, SEQ ID NO:687, SEQ ID NO:689, SEQ ID NOs:691-714, SEQ ID NOs:716-717, SEQ ID NOs:719-737, SEQ ID NO:739, SEQ ID NOs:741-766, SEQ ID NO:768, SEQ ID NOs:770-776, SEQ ID NO:778, SEQ ID NOs:780-786, SEQ ID NOs:788-792, SEQ ID NO:794-807, and SEQ ID NOs:809-820 of U.S. Patent Application Publication No. 2010-0058498 (U.S. patent application Ser. No. 12/446,929); wherein a tissue of a plant produced from said plant cell has a difference in lignin content as compared to the corresponding lignin content in tissue of a control plant that does not comprise said exogenous nucleic acid.   
     
     
         2 . A transgenic plant comprising the plant cell of  claim 1 . 
     
     
         3 . A method of modulating the level of a component in a plant, said method comprising introducing into a plant cell an exogenous nucleic acid, said exogenous nucleic acid comprising a regulatory region operably linked to:
 (a) a nucleotide sequence encoding a polypeptide having 80% or greater sequence identity to a polypeptide sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO:96, SEQ ID NOs:98-100, SEQ ID NO:102, SEQ ID NO:104, SEQ ID NO:106, SEQ ID NO:108, SEQ ID NOs:110-112, SEQ ID NOs:114-117, SEQ ID NOs:119-122, SEQ ID NO:124, SEQ ID NOs:126-128, SEQ ID NOs:130-132, SEQ ID NOs:134-137, SEQ ID NO:139, SEQ ID NO:141, SEQ ID NO:143, SEQ ID NOs:145-147, SEQ ID NO:149, SEQ ID NOs:151-155, SEQ ID NO:157, SEQ ID NO:159, SEQ ID NO:161, SEQ ID NO:163, SEQ ID NOs:165-168, SEQ ID NO:170, SEQ ID NOs:172-176, SEQ ID NOs:178-194, SEQ ID NO:196, SEQ ID NOs:198-215, SEQ ID NO:217, SEQ ID NO:219, SEQ ID NOs:221-251, SEQ ID NO:253, SEQ ID NOs:255-256, SEQ ID NO:258, SEQ ID NO:260, SEQ ID NOs:262-265, SEQ ID NO:267, SEQ ID NOs:269-270, SEQ ID NOs:272-273, SEQ ID NOs:275-277, SEQ ID NOs:279-280, SEQ ID NO:282, SEQ ID NO:284, SEQ ID NOs:286-287, SEQ ID NOs:289-290, SEQ ID NO:292, SEQ ID NOs:294-298, SEQ ID NO:300, SEQ ID NO:302, SEQ ID NO:304, SEQ ID NO:306, SEQ ID NOs:308-313, SEQ ID NOs:315-316, SEQ ID NOs:318-319, SEQ ID NO:321, SEQ ID NO:323, SEQ ID NOs:325-326, SEQ ID NO:328, SEQ ID NO:330, SEQ ID NO:332, SEQ ID NOs:334-335, SEQ ID NO:337, SEQ ID NO:339-341, SEQ ID NO:343, SEQ ID NO:345, SEQ ID NO:347-351, SEQ ID NO:353, SEQ ID NO:355, SEQ ID NO:357-359, SEQ ID NOs:361-368, SEQ ID NO:370, SEQ ID NO:372, SEQ ID NOs:374-375, SEQ ID NO:377, SEQ ID NO:379, SEQ ID NOs:381-385, SEQ ID NOs:387-389, SEQ ID NOs:391-392, SEQ ID NOs:394-398, SEQ ID NO:400, SEQ ID NOs:402-403, SEQ ID NO:405, SEQ ID NO:407, SEQ ID NO:409, SEQ ID NO:411, SEQ ID NO:413, SEQ ID NO:415, SEQ ID NOs:417-430, SEQ ID NOs:432-434, SEQ ID NO:436, SEQ ID NO:438, SEQ ID NO:440, SEQ ID NOs:442-443, SEQ ID NOs:445-447, SEQ ID NO:449, SEQ ID NOs:451-452, SEQ ID NOs:454-457, SEQ ID NO:459, SEQ ID NOs:461-463, SEQ ID NOs:465-468, SEQ ID NOs:470-471, SEQ ID NO:473, SEQ ID NOs:475-476, SEQ ID NOs:478-481, SEQ ID NOs:483-485, SEQ 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NO:2258, SEQ ID NO:2260, SEQ ID NO:2262, SEQ ID NO:2264, SEQ ID NO:2266, SEQ ID NO:2268, SEQ ID NO:2270, SEQ ID NO:2272, SEQ ID NO:2274, SEQ ID NO:2276, SEQ ID NO:2278, SEQ ID NO:2280, SEQ ID NO:2282, SEQ ID NO:2284, SEQ ID NO:2286, SEQ ID NO:2288, SEQ ID NO:2290, SEQ ID NO:2292, SEQ ID NO:2294, SEQ ID NO:2296, SEQ ID NO:2298, SEQ ID NO:2300, SEQ ID NO:2302, SEQ ID NO:2304, SEQ ID NO:2306, SEQ ID NO:2308, SEQ ID NO:2310, SEQ ID NO:2312, SEQ ID NO:2314, SEQ ID NO:2316, SEQ ID NO:2318, SEQ ID NO:2320, SEQ ID NO:2322, SEQ ID NO:2324, SEQ ID NO:2326, SEQ ID NO:2328, SEQ ID NO:2330, SEQ ID NO:2332, SEQ ID NO:2334, SEQ ID NO:2336, SEQ ID NO:2338, SEQ ID NO:2340, SEQ ID NO:2342, SEQ ID NO:2344, SEQ ID NO:2346, and SEQ ID NO:2348, wherein said component is lignin, wherein a tissue of a plant produced from the plant cell has a difference in lignin content as compared to the corresponding lignin content in tissue of a control plant that does not comprise said exogenous nucleic acid,   (b) a nucleotide sequence encoding a polypeptide having 80 percent or greater sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 80-87, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NOs: 91-93, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 98; SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO:101, SEQ ID NO:102, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO:106, SEQ ID NO:108, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 131; SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO:135, SEQ ID NO:137, SEQ ID NO:139, SEQ ID NO:141, SEQ ID NO:143, SEQ ID NO:144, SEQ ID NO:146, SEQ ID NO:148, SEQ ID NO:150, SEQ ID NO:152, SEQ ID NO:154, SEQ ID NO:156, SEQ ID NO:157; SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 170, SEQ ID NO: 172, SEQ ID NO: 174, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 189, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 193, SEQ ID NO: 195, SEQ ID NO: 196, SEQ ID NO: 198, SEQ 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SEQ ID NO:363, SEQ ID NO:365, and SEQ ID NOs:367-371 of U.S. Patent Application Publication No. 2011-0113508 (U.S. patent application Ser. No. 12/377,778), wherein said component is a carotenoid, wherein a tissue of a plant produced from said plant cell has a difference in the level of a carotenoid as compared to the corresponding level in tissue of a control plant that does not comprise said exogenous nucleic acid,   (c) a nucleotide sequence encoding a polypeptide having 80 percent or greater sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs:81-92, SEQ ID NO:94, SEQ ID NOs:96-107, SEQ ID NO:109, SEQ ID NOs:111-116, SEQ ID NOs:118-134, SEQ ID NOs:136-140, SEQ ID NO:142, SEQ ID NO:144, SEQ ID NOs:146-147, SEQ ID NOs:149-150, SEQ ID NO:152, SEQ ID NO:154, SEQ ID NOs:156-157, SEQ ID NOs:159-169, SEQ ID NOs:171-172, SEQ ID NO:174, SEQ ID NO:176, SEQ ID NOs:178-179, SEQ ID NOs:181-182, SEQ ID NOs:184-191, SEQ ID NOs:193-196, SEQ ID NOs:198-217, SEQ ID NOs:219-220, SEQ ID NOs:222-229, SEQ ID NOs:231-238, SEQ ID NO:240, SEQ ID NOs:242-250, SEQ ID NOs:252-330, SEQ ID NOs:332-333, SEQ ID NO:335, SEQ ID NOs:337-340, SEQ ID NO:342, SEQ ID NO:344, SEQ ID NO:346-348, SEQ ID NOs:350-357, SEQ ID NOs:359-366, SEQ ID NO:368, SEQ ID NOs:370-372, SEQ ID NOs:374-376, SEQ ID NOs:378-379, SEQ ID NOs:381-396, SEQ ID NO:398, SEQ ID NOs: 502-545 of U.S. Patent Application Publication No. 2009-0324797 (U.S. patent application Ser. No. 12/161,935), and the consensus sequences set forth in FIGS. 1-13 of U.S. Patent Application Publication No. 2009-0324797 (U.S. patent application Ser. No. 12/161,935), wherein said component is oil, wherein a tissue of a plant produced from said plant cell has a difference in the level of oil as compared to the corresponding level in tissue of a control plant that does not comprise said exogenous nucleic acid,   (d) a nucleotide sequence encoding a polypeptide having 80 percent or greater sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs:96-98, SEQ ID NO:100, SEQ ID NOs:102-103, SEQ ID NOs:106-110, SEQ ID NO:112, SEQ ID NO:114, SEQ ID NO:116, SEQ ID NOs:118-119, SEQ ID NO:122, SEQ ID NOs:125-126, SEQ ID NO:128, SEQ ID NO:131, SEQ ID NOs:133-134, SEQ ID NO:136, SEQ ID NO:138, SEQ ID NOs:140-141, SEQ ID NOs:143-146, SEQ ID NO:148, SEQ ID NO:150, SEQ ID NO:152, SEQ ID NO:154, SEQ ID NOs:156-157, SEQ ID NO:159, SEQ ID NO:161, SEQ ID NO:163, SEQ ID NO:165, SEQ ID NOs:167-175, SEQ ID NO:177, SEQ ID NOs:179-182, SEQ ID NO:184, SEQ ID NO:186, SEQ ID NO:186, SEQ ID NOs:188-189, SEQ ID NO:191, SEQ ID NOs:193-205, SEQ ID NOs:207-210, SEQ ID NOs:212-220, SEQ ID NO:222, SEQ ID NO:224, SEQ ID NO:226, SEQ ID NO:228, SEQ ID NO:230, SEQ ID NO:232, SEQ ID NO:234, SEQ ID NO:236, SEQ ID NOs:238-239, SEQ ID NO:241, and SEQ ID NOs:243-247 of U.S. Patent Application Publication No. 2010-0151109 (U.S. patent application Ser. No. 12/519,106), wherein said component is protein, wherein a tissue of a plant produced from said plant cell has a difference in the level of protein as compared to the corresponding level in tissue of a control plant that does not comprise said exogenous nucleic acid,   (e) a nucleotide sequence encoding a polypeptide having 80 percent or greater sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO:81, SEQ ID NOs:83-86, SEQ ID NOs:88-93, SEQ ID NOs:95-97, SEQ ID NOs:99-105, SEQ ID NOs: 107-112, SEQ ID NOs: 114-117, SEQ ID NO:119, SEQ ID NO:121, SEQ ID NOs:123-125, SEQ ID NOs:127-139, SEQ ID NO:141, SEQ ID NOs:143-146, SEQ ID NOs:148-153, SEQ ID NOs:155-158, SEQ ID NOs:160-165, SEQ ID NOs:167-175, SEQ ID NO:216, SEQ ID NO:218, SEQ ID NO:230, SEQ ID NO:232, SEQ ID NO:234, SEQ ID NO:236, SEQ ID NO:252, SEQ ID NO:240, SEQ ID NO:242, SEQ ID NO:244, SEQ ID NO: , SEQ ID NO:246, SEQ ID NO:248, SEQ ID NO:250, SEQ ID NO:238, SEQ ID NO:254, SEQ ID NO:256, SEQ ID NO:258, SEQ ID NO:220, SEQ ID NO:222, SEQ ID NO:224, SEQ ID NO:226, SEQ ID NO:228 of U.S. Patent Application Publication No. 2009-0304901 (U.S. patent application Ser. No. 12/161,928), and the consensus sequences set forth in FIGS. 1-9 of U.S. Patent Application Publication No. 2009-0304901 (U.S. patent application Ser. No. 12/161,928), wherein said component is protein, wherein a tissue of a plant produced from said plant cell has a difference in the level of protein as compared to the corresponding level in tissue of a control plant that does not comprise said exogenous nucleic acid,   (f) a nucleotide sequence encoding a polypeptide having 80 percent or greater sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs:2-20, SEQ ID NOs:22-34, SEQ ID NOs:36-38, SEQ ID NOs:40-43, SEQ ID NO:48, SEQ ID NOs:51-53, SEQ ID NOs:55-65, SEQ ID NOs:67-81, SEQ ID NOs:83-92 of U.S. Pat. No. 7,329,797 (U.S. patent application Ser. No. 11/296,657), and the consensus sequences set forth in FIGS. 1-7 of U.S. Pat. No. 7,329,797 (U.S. patent application Ser. No. 11/296,657), wherein said component is carbon, wherein a tissue of a plant produced from said plant cell has a difference in the level of carbon as compared to the corresponding level in tissue of a control plant that does not comprise said exogenous nucleic acid,   (g) a nucleotide sequence encoding a polypeptide having 80% or greater sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO:35, SEQ ID NOS:37-47, SEQ ID NO:53, SEQ ID NOs:55-61, SEQ ID NOs:49-51, SEQ ID NOs:2-12, SEQ ID NOs:14-21, SEQ ID NOs:23-26, SEQ ID NOs:28-33 of U.S. Patent Application Publication No. 2009-0178160 (U.S. patent application Ser. No. 12/091,429), and the consensus sequences set forth in FIG. 2, 4, 5, 6, 7, 8, or 9 of U.S. Patent Application Publication No. 2009-0178160 (U.S. patent application Ser. No. 12/091,429), wherein said component is a triterpenoid, wherein a tissue of a plant produced from said plant cell has a difference in the level of a triterpenoid as compared to the corresponding level in tissue of a control plant that does not comprise said exogenous nucleic acid, or   (h) a polynucleotide encoding a lignin-modulating polypeptide comprising an amino acid sequence having 80% or greater sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO:96, SEQ ID NOs:98-107, SEQ ID NOs:109-111, SEQ ID NOs:113-114, SEQ ID NOs:116-124, SEQ ID NOs:126-127, SEQ ID NOs:129-130, SEQ ID NO:132, SEQ ID NO:134, SEQ ID NO:136, SEQ ID NO:138, SEQ ID NO:140, SEQ ID NOs:142-143, SEQ ID NOs:145-147, SEQ ID NOs:149-150, SEQ ID NOs:152-156, SEQ ID NO:158, SEQ ID NOs:160-163, SEQ ID NO:165, SEQ ID NOs:167-174, SEQ ID NOs:176-181, SEQ ID NO:183, SEQ ID NO:185, SEQ ID NOs:187-188, SEQ ID NO:190, SEQ ID NOs:192-194, SEQ ID NOs:196-197, SEQ ID NO:199, SEQ ID NOs:201-202, SEQ ID NO:204, SEQ ID NO:206, SEQ ID NO:208, SEQ ID NOs:210-214, SEQ ID NO:216, SEQ ID NOs:218-220, SEQ ID NO:222, SEQ ID NO:224, SEQ ID NOs:226-227, SEQ ID NO:229, SEQ ID NO:231, SEQ ID NOs:233-238, SEQ ID NO:240, SEQ ID NO:242, SEQ ID NO:244, SEQ ID NO:246, SEQ ID NO:248, SEQ ID NO:250, SEQ ID NO:252, SEQ ID NO:254, SEQ ID NOs:256-268, SEQ ID NOs:270-279, SEQ ID NOs:281-282, SEQ ID NO:284, SEQ ID NOs:286-287, SEQ ID NO:289, SEQ ID NOs:291-298, SEQ ID NO:300, SEQ ID NO:302, SEQ ID NOs:304-309, SEQ ID NOs:311-319, SEQ ID NOs:321-330, SEQ ID NOs:332-340, SEQ ID NO:342, SEQ ID NO:344, SEQ ID NOs:355-356, SEQ ID NOs:358-369, SEQ ID NO:371, SEQ ID NOs:373-385, SEQ ID NOs:387-388, SEQ ID NOs:390-395, SEQ ID NO:397, SEQ ID NO:399, SEQ ID NOs:401-407, SEQ ID NOs:409-463, SEQ ID NOs:465-496, SEQ ID NOs:498-500, SEQ ID NOs:502-503, SEQ ID NO:505, SEQ ID NOs:507-511, SEQ ID NOs:513-540, SEQ ID NO:542, SEQ ID NOs:544-577, SEQ ID NOs:579-581, SEQ ID NO:583, SEQ ID NOs:585-587, SEQ ID NOs:589-590, SEQ ID NO:592, SEQ ID NOs:594-599, SEQ ID NOs:601-617, SEQ ID NO:619, SEQ ID NOs:621-638, SEQ ID NOs:640-672, SEQ ID NO:674, SEQ ID NOs:676-678, SEQ ID NO:680, SEQ ID NOs:682-685, SEQ ID NO:687, SEQ ID NO:689, SEQ ID NOs:691-714, SEQ ID NOs:716-717, SEQ ID NOs:719-737, SEQ ID NO:739, SEQ ID NOs:741-766, SEQ ID NO:768, SEQ ID NOs:770-776, SEQ ID NO:778, SEQ ID NOs:780-786, SEQ ID NOs:788-792, SEQ ID NO:794-807, and SEQ ID NOs:809-820 of U.S. Patent Application Publication No. 2010-0058498 (U.S. patent application Ser. No. 12/446,929), wherein said component is lignin, wherein a tissue of a plant produced from said plant cell has a difference in lignin content as compared to the corresponding lignin content in tissue of a control plant that does not comprise said exogenous nucleic acid.